Die Marienschule Nieukerk fand ihr Gründungsmoment in der Knabenschule Nieukerks, die 1875 erbaut worden war. Aus dieser Zeit stammt der Altbau der heutigen Grundschule. Dieses Gebäude wurde im Februar 1945 bei einem Bombenangriff größtenteils zerstört. Der Wiederaufbau dauerte bis 1951. Die wiederhergestellte Schule erhielt dann den Namen „Marienschule“ und wurde als Knabenschule weitergeführt. Die Mädchenschule, die am Kirchplatz angesiedelt war, war nicht mehr zeitgemäß und die Räumlichkeiten zu gering, so dass ein Erweiterungsbau an der damaligen Knabenschule geplant wurde. Nach der Fertigstellung des Erweiterungsbaus mit acht Klassenräumen nahm die neue Schule mit 478 Schülern in elf Klassen 1961 als „Katholische Volksschule Nieukerk“ ihren Betrieb auf.

1968 entstanden aus den Volksschulen die neuen Schulformen der „Grund- und Hauptschulen“. An der Stelle der Katholischen Volksschule Nieukerk wurde die Katholische Mariengrundschule Nieukerk angesiedelt. Die Hauptschule wurde nach Aldekerk verlegt.

Stark variierende Schülerzahlen, die gestiegenen Anforderungen an modernen Unterricht und die damit verbundene erforderliche Ausstattung der Unterrichtsräume machten eine Erweiterung der Schule notwendig. Mit Zustimmung der politischen Gremien und aller weiteren Beteiligten und der Bereitstellung der erforderlichen Mittel seitens des Schulträgers wurde am 15. Juni 1999 der Grundstein für das dritte Gebäude gelegt, nachdem in den Osterferien schon mit den Abbrucharbeiten begonnen worden war. Auf den Tag genau ein Jahr nach der Grundsteinlegung wurde das neue Gebäude eingeweiht und offiziell der Schule übergeben.